Amino asitler nasıl bir araya geliyor, 3 boyutlu yapı nasıl oluşuyor? Protein yapılarını çözmek, incelemek ve karmaşık protein etkileşimlerini anlamak için hangi teknikleri kullanıyoruz? Etkinlikte bu sorulara cevap ararken, teorik ve pratik oturumlar aracılığıyla protein yapılarını ve etkileşimlerini inceleyeceğiz. Pratik derslerle veritabanı kullanımı (NCBI BLAST, Expasy), protein görselleştirme (PDB, Chimera X), yapı modelleme (AlphaFold), protein etkileşimleri (PISA) ve moleküler kenetleme (HADDOCK, SWISSDOCK) konularını işleyeceğiz.
Event Details
Lisans ve Lisansüstü Öğrencileri
Bilimler Köyü
19 July 2025
20 July 2025
21 July 2025
—
27 July 2025
20 people
9000 TL
The participation fee covers tent accommodation within the Village campus, use of all common areas, three meals and one snack. Tea, water, and coffee are included. Our coordinators organize the events on a voluntary basis.
Event Purpose
Additional Info
Katılımcıların yanlarında laptop getirmesi önerilir.
Etkinlik öncesi bilgisayarlarına aşağıdaki programları yüklemeleri gerekmektedir
--Chimera X www.cgl.ucsf.edu/chimerax/
--Pymol www.pymol.org/edu/
Web sayfaları
-- PDB; www.rcsb.org/
-- NCBI; www.ncbi.nlm.nih.gov/
-- Expasy; www.expasy.org
-- BLAST: www.blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
-- AlphaFold www.alphafold.ebi.ac.uk/
-- HADDOCK (hesap oluşturunuz) www.wenmr.science.uu.nl/
-- SWISSDOCK www.swissdock.ch/
-- PISA www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/
Schedule
| Day | Content |
|---|---|
| Day 1 | Teorik dersler : Atomların mimarisi: Protein yapısı Pratik dersler: Veritabanları kullanımı; NCBI BLAST, Expasy, Virulence Factor Database, Antimicrobial Peptide Database |
| Day 2 | Teorik dersler: Atomları görmek: Yapısal Biyoloji teknikleri; deneysel, yapay zeka ve ötesi Pratik dersler: PDB ve Chimera X kullanımı |
| Day 3 | Teorik dersler Mikrobiyal proteinler ve yapısal taklit Pratik dersler: Protein yapı modelleme AlphaFold, seçili virülans faktör ile yapı modelleme |
| Day 4 | TATİL |
| Day 5 | Teorik dersler Protein etkileşimleri, docking, moleküler dinamik ve simülasyonları Pratik dersler: Moleküler kenetleme (HADDOCK, SWISSDOCK ) |
| Day 6 | Teorik dersler: Haftanın Özeti ve Sunum hazırlama Pratik dersler: Öğrenci sunumları |
| Day 7 | Kariyer söyleşisi: Kariyer yolculuğumuz ve soru- cevap |