ODTÜ, Fizik Bölümü’nden 1996’da mezun oldu. Ortadoğu Teknik Üniversitesi Fizik Bölümü’nde, 1998 yılında Yüksek Lisans, 2005 yılında da Doktora çalışmasını tamamladı. Yine aynı üniversitede 2006 yılında “New Directions in the Direction of Time” başlıklı teziyle Felsefe alanında doktorasını tamamladı. 2001-2008 yılları arasında yurt dışında çalışmalarını sürdürdü. 2008-2014 yılları arasında Ege Üniversitesi’nde, 2014-2018 yılları arasında TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi’nde çalıştı. İstatistik fizik ve Whitehead süreç felsefesi çerçevesinde kuantum mekaniğinin yorumu gibi konular üstüne birçok makalesi bulunan BAĞCI, 2018 yılından beri Mersin Üniversitesi’nde çalışmalarına devam etmektedir.